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细菌无处不在，对于养的鱼来说，细菌存在于空气、水体、鱼的体表和体内。空气中拥有各种各样的菌（我们呼出一口气也会吹出许多细菌，虽然听起来恶心，却是事实），其中包括我们喜欢的硝化细菌，也包括少数我们不喜欢的致病菌，只是正常条件下由于营养限制，数目不是那么多而已。但是星星之火可以燎原，一旦条件合适，它们繁殖的速度那是相当的惊人（就算硝化细菌相对慢，但是相对一般生物也算很快），当我们肉眼明显可以感觉到细菌群落的存在的时候，它们就至少数以亿计了。鱼的祖祖辈辈生活了这么久，早就适应了和空气中和水体中的这些细菌共存的生活方式。
鱼缸养到一定时候水里就会有各种各样的细菌，就算你的缸再清澈再勤换水这也是必然的。对鱼有益的细菌包括我们知道的硝化细菌。还有体内共存的一些细菌也是鱼正常生长所必需的（比如帮助消化、建立微生物抵御群落），大多数则是不痛不痒、即无好处也无坏处的。还有一些是有害的。当环境中有少量有害菌的时候，健康的鱼是不怕的，鱼对于有害菌的抵抗力来自自己的免疫系统和体内的微生物群落（前者类似于警察治安系统，后者相当于见义勇为和善良的人群）。而且环境中有适量的菌存在对于锻炼鱼体的免疫体系是很重要的，就像军队如果长期不打仗就必须通过演习来提高作战能力，否则就只能乞求永远和平。（不要相信那些香皂的广告，说什么能有效去除人体表面的细菌啥的，就算它真能除菌，洗完脸，几分钟后马上就有了，我们平时洗手也就是洗个相对干净就足够了，谁也不能说洗完手后就一个细菌都不带了，那也没有必要，因为人也有免疫系统。一个人脸上皮肤上如果能长时间没有细菌那是很恐怖的，说明这个人的皮肤具有很强的腐蚀性）。
通常情况下，各种菌类都维持在鱼儿们可以承受的一种动态平衡，免疫能力也是有弹性的。一旦某种致病菌数量突然大增（比如突然放进一条病鱼），突破极限或者由于鱼体身体状态太差免疫系统没力气打战导致致病菌乘虚而入，总之就是免疫体系和正常的体内微生物群落拿它们一下子没辙了，鱼就会生病，病的时候强壮的个体能通过调节免疫体系恢复过来，也获得一次成长机会。弱的就不行，可能从此走上不归路。这个时候我们就要帮助它们抵抗了，也就是要杀菌。要不然鱼儿死翘翘了，我们后悔。
杀菌的方法很多，有物理化学法、生物法。物理化学办法比如把水升温甚至烧开、高盐盐、高氧化剂、酸碱等，也会用到一些“毒药”如亚甲基兰、汞化合物之类的，它们的作用都不是只针对细菌更不是只针对有害菌的，只不过不同物种承受强度不一样而已，所以一定要把握分寸，通常底限就是保住鱼，隔离治疗的话还能保护住水体中的硝化细菌之类的（同时也包括游离的致病菌，但是很多时候剩下一点，鱼自己就能应付了）。整缸治疗固然效果更好，但是也会对原有的平衡系统造成一定破坏需要想办法恢复，孰重孰轻不能一概而论了。
抗生素药物杀菌效果具有特异性，实际上我们通常使用的都是广谱抗生素，也就是说能够杀死抑制拥有同一类分子或者特性的很多种细菌不是专门杀死某一种细菌的。它们往往能迅速减少致病菌的数量从而鱼儿们重获健康。使用完抗生素药物有三个后果：1、搞定致病菌；2、同时搞掉鱼体内的一些有益菌和水体中的其他菌，使鱼儿的抵抗力下降；3、通过药物自然选择，除去大量不具抗药性的细菌，使少数具有抗药性的细菌因缺少同类竞争压力得以更好的生存（也包括具有抗药性的硝化细菌），这也是细菌抗药性产生的一个原因，只是由于其数量还是少，所以一般也不构成对鱼体健康的威胁。现在的环境中已经具有很多超强的耐药菌了，实际上都跟人们滥用抗生素有很大关系。另外，是药三分毒，多少对鱼都会有副作用。所以用药要谨慎要适量，不到万不得已，不要频繁用药。
由于细菌的种类太多，差异实在太大，有个别菌耐高温、高盐、耐强酸强碱，由于是个例且大多是无害的，所以一般不用考虑。
硝化细菌也是一种菌，生存能力也是很强的，细菌是靠数量和繁殖速度取胜的，不要求每个个体都活着，所以不用担心少供一会儿氧它们就over了，它们生存需要的氧比鱼要少得多，少供一会儿氧最多数量少一些而已，只要鱼儿还活着就绝不会死伤惨重。正常情况下，养鱼到一定时候，它们也不是所有都参与分裂繁殖，也会死一部分的，供氧连续充分它们过得更爽工作起来更卖力就是了。开缸的时候人为添加硝化细菌可以加速健康体系建立进程，但是不加也是会建立的，只是比较慢。呵呵，不知道有没有好事之徒通过突变筛选或者基因工程的办法制造耐药的硝化细菌。
健康的水体（包括温度、光照长度强度）有利于维持各种菌的平衡比例，同时保持鱼的健康状况和免疫能力，是鱼最好的保健品。
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